مسعودی در مروج الذهب، شمار فرزندان امام علی (ع) را به 25 تن رسانده است.
فرزندان ایشان بنابر آنچه که ابن سعد در طبقات [1] و بلاذری در انساب الاشراف [2] آورده است عبارتند از:

1ـ فرزندانی کهمادرشان حضرت فاطمه (س) دختر رسول خدا (ص) است که شامل امام حسن (ع) و امام حسین (ع) و محسن و زینب کبرا و ام کلثوم کبرا است. محسن در جریان حمله به خانه حضرت زهرا (س) سقط شد.

ابن اثیر می‌گوید: محسن در کودکی وفات یافته است.
زینب به عقد عبدالله بن جعفر بن ابی‌‏طالب درآمد و ام کلثوم زوجه عمر بن خطاب شد . [3]

2ـ محمد بن علی معروف به محمد بن حنفیه که مادرش خوله دختر جعفر بن قیس بنمسلمه بوده است.

3ـ فرزندانی کهمادرشان لیلی دختر مسعود بوده است که یکی عبید الله بن علی است که توسط مختار (فرزند ابو عبید) در منطقه‌ای در ناحیه دشتمیشان خوزستان به نام مذار کشته شد.و ابو بکر بن علی که در کربلا به شهادت رسید. این دو اولادی نداشتند.

4ـ فرزندانی کهمادرشان ام البنین بوده است، که عباس و عثمان و جعفر و عبد الله (چهار برادر ) بودند و در کربلا شهید شدند. (از عباس(ع) دو فرزند به نام های عبیدالله و فضل متولد شد کهنسل حضرت عباس از عبید الله باقی ‏ماند(.

5ـ فرزندی کهمادرش کنیز بوده است و محمد اصغر نام داشت و در کربلا به شهادت رسید.

6ـ فرزندانی کهمادرشان اسماء بنت عمیس است. که یحیی و عون نام دارند.

7ـ فرزندانی کهمادرشان صهباء بوده است که عمر اکبر و رقیه نام دارند. (یک برادر و یک خواهر)

8ـ فرزندی کهمادرش امامه دختر ابوالعاص است. (مادر امامه زینب دختر رسول خدا است) و محمد اوسط نام دارد.

9ـ فرزندانی کهمادرشان ام سعید دختر عروة بن مسعود است و ام الحسین و رملة کبری نام دارند. (دو خواهر)

10ـ دختری به نام ام یعلی کهمادرش محیاة دختر امرءالقیس [4] بوده است، که در خردسالی از دنیا رفت.

11ـ فرزندان (دختران) امام علی (ع) که از کنیزان آن حضرت متولد شدند و عبارتند از: ام‏هانی و میمونه و زینب صغری و رملة صغری و ام کلثوم صغری و فاطمه و امامهو خدیجه و ام الکرام و ام اسلم و ام جعفر و جمانه و نفیسه.

سید محسن امین در باره همسران علی (ع) آورده است: نخستین همسر آن حضرت، فاطمه زهرا (ع) دخت گرامی پیامبر خدا بوده است. علی (ع) تازمانی که فاطمه در قید حیات به سر می‏برد همسر  دیگری اختیار نکردند. پس ازشهادت حضرت فاطمه(س)، آن حضرت با امامه دختر ابو العاص بن ربیع بن عبد العزی بن عبد شمس کهفرزند زینب دختر پیغمبر بود ازدواج کرد. ام البنین دختر حزام بن دارم کلابیه، زندیگری بود که علی (ع) او را به عقد خود درآورد. پس از ام البنین، آن حضرت با لیلیدختر مسعود بن خالد النهشلیة تمیمه دارمیه ازدواج کرد و پس از وی با اسماء بنت عمیسخثعمی پیمان زناشویی بست. اسماء تا قبل از شهادت جعفر بن ابی طالب، همسر وی بود و پساز شهادت جعفر، ابوبکر او را به ازدواج خود درآورد و چون ابوبکر از دنیا رفت، علی)ع) او را به همسری خویش گرفت. یکی دیگر از همسران امیر المؤمنین (ع) ام حبیب دخترربیعه تغلبیه موسوم به صهبا بوده است. این زن از قبیله «سبی» بود که خالد بن ولیددر عین التمر بر آنها حمله برده و ایشان را به اسیری گرفته بود. خوله دختر جعفر بنقیس بن مسلمه حنفی و یا به قولی دیگر خولة دختر ایاس از دیگر زنان آن حضرت بودهاست. هم چنین علی (ع) با ام سعد یا ام سعید دختر عروة بن مسعود ثقفی و نیز مخبأة دخترامری القیس بن عدی کلبی پیمان زناشویی بست. [5]