تا سال 1369 مرکز بررسی و تحقیقات عقیدتی-سیاسی زیر نظر عقیدتی-سیاسی ستاد مشترک بود؛ لکن، از سال 1369 باتوجه‌به گسترش حوزۀ فعالیت مرکز و تغییرات در نظام آموزش عقیدتی-سیاسی، مرکز زیر نظر نمایندگی ولی‌فقیه در سپاه قرار گرفت. در همان سال (1369) با دستور نماینده وقت ولی‌فقیه در سپاه، آیت‌الله محمدعلی موحدی‌کرمانی، مرکز پژوهش‌های علوم انسانی نمایندگی ولی‌فقیه در سپاه با مرکز بررسی و تحقیقات عقیدتی-سیاسی ادغام شد و «مرکز تحقیقات اسلامی» با محوریت تدوین متون آموزشی و کمک‌آموزشی، اطلاع‌رسانی در حوزۀ علوم اسلامی و انسانی و پژوهش‌های علوم انسانی شروع به فعالیت کرد.

 همچنین، از این زمان، در ساختار جدید پژوهش‌های بنیادین در حوزۀ علوم انسانی و اسلامی مدنظر قرار گرفت و مدیریتی با همین عنوان در ساختار مرکز ایجاد شد که در آغاز، مسئولیتش با حجت‌الاسلام والمسلمین حسین ایرانی و پس از وی با حجت‌الاسلام والمسلمین مهدی عبداللهی بود.

 یکی از نخستین طرح‌های پژوهشی که در  این سال‌ها از سوی ستاد مشترک سپاه به مرکز تحقیقات واگذار شد، «تحقیقات عاشورا» بود. برای همین امر واحدی در مرکز به نام «مدیریت تحقیقات عاشورا» زیر نظر حجت‌الاسلام والمسلمین حسینی شاهرودی تشکیل شد. حاصل تحقیقات عاشورا کتاب‌های ارزشمندی بود، ازجمله مع الرکب الحسینی من المدینه الی المدینه، زمینه‌های قیام عاشورا، پیام‌های عاشورا، و عبرت‌های عاشورا. این کتاب‌ها را نویسندگان برجسته‌ای مانند شیخ‌نجم‌الدین طبسی، شیخ‌محمدجواد طبسی، شیخ‌محمدجعفر طبسی، علی‌الشاوی محقق عراقی، حجت‌الاسلام والمسلمین جواد محدثی تدوین و تألیف شد و برخی از آنها به چندین زبان دنیا ترجمه و در داخل نیز بارها تجدید چاپ شد.

در سال 1372 تغییری در ساختار مرکز تحقیقات اسلامی سپاه، مبنی بر ایجاد دو معاونت، ایجاد شد. معاونت تدوین متون به مسئولیت حجت‌الاسلام والمسلمین علی رفیعی با مأموریت تدوین متون نظام آموزش عقیدتی-سیاسی و دیگر سفارش‌های متون آموزشی نیروهای مسلح و معاونت کمک‌آموزشی به مسئولیت دکتر محمدرضا احمدی با مأموریت تدوین نشریۀ مربیان، و در ادامه تدوین نشریات مکتب جبهه (در قطع جیبی) و سرگرمی‌های آموزشی (در قطع جیبی) و ویژه‌نامه‌ها شکل گرفت. به اذعان عمده مسئولان و مصاحبه شوندگان مجلاتی مانند مکتب جبهه یک خوراک معنوی عالی برای رزمندگان در خط مقدم بود؛ به‌طوری‌که، در جیب هر رزمنده‌ای مکتب جبهه پیدا می‌شد. یکی دیگر از بخش‌های زیر معاونت کمک آموزشی گروه تهیه و تدوین فیلم‌نامه بود که زیر نظر حجت‌الاسلام والمسلمین محمدرضا پیوندی شکل گرفت. سریالی دربارۀ معارف نماز و نقش روحانی سیدعبدالحسین لاری در نشر فرهنگ نماز در بین عشایر فارس، به نام «خالو قربان»، که از شبکه یک پخش شد، حاصل تلاش‌های این گروه در سال 1374 بود.