با موافقت وزارت علوم مبنی بر تبدیل مرکز تحقیقات اسلامی به پژوهشکدۀ تحقیقات اسلامی در سال 1373، گروه الهیات به‌عنوان یکی از سه گروه مصوب پژوهشکده تشکیل شد. با آغاز اقدامات مبنی بر ارتقای پژوهشکده در سال 1391، گروه الهیات به مرکز الهیات و معارف اسلامی تبدیل شد. با ارتقائ پژوهشکده به پژوهشگاه در سال 1393 این مرکز نیز به «پژوهشکده الهیات و معارف اسلامی» ارتقا یافت. تاکنون حجج‌ اسلام آقایان مصطفی آخوندی، علی رفیعی، سیدرضا فقیهی، زین‌العابدین نجفی، حمید نگارش و  نعمت الله یوسفیان مسئولیت گروه و پژوهشکده الهیات و معارف اسلامی را برعهده داشته‌اند.

پژوهشکده الهیات و معارف اسلامی بیشترین نیروی پژوهشی در پژوهشگاه را در اختیار دارد و عمده آثار پژوهشگاه حاصل تلاش پژوهشگران این پژوهشکده است. برخی از مهم‌ترین پژوهش‌های انجام گرفته این پژوهشکده عبارت‌اند از: انسان مطلوب، پاسدار مطلوب، فرهنگ شیعه، مجموعه فقه­های سازمانی (احکام رزم دریایی، احکام رزم زمینی، احکام هوافضا، احکام حفاظت از شخصیت­ها، احکام نظارت و بازرسی، احکام پشتیبانی، احکام گزینش، احکام قضایی و انضباطی، احکام بهداشت و درمان، احکام عبادی، احکام مالی، احکام سازندگی، احکام فرماندهی، احکام فرهنگی و هنری، احکام دفاع سایبری)، مجموعه حقیقت ماندگار در  چهار جلد (1. تاریخ تشیع 2. عقاید شیعه 3. فقه شیعه 4. میراث حدیثی شیعه)، مجموعه جغرافیای مذهبی کشورهای هم‌جوار مانند سوریه، عراق، لبنان، یمن و … .

پژوهشکدۀ الهیات و معارف اسلامی دارای سه مجلۀ علمی- تخصصی، به شرح زیر، است:

– «پژوهش‌های تمدن نوین اسلامی» به سردبیری  دکتر حبیب زمانی محجوب

– «پژوهش‌های دفاعی و امنیتی در اسلام» به سردبیری دکتر عباسعلی عظیمی شوشتری

– «راهنماشناسی» به سردبیری حجت‌الاسلام دکتر حمید نگارش