پژوهشگاه علوم اسلامی امام صادق† دارای سه پژوهشکده به نام‌های «پژوهشکده الهیئت و معارف اسلامی»، «پژوهشکده علوم سیاسی» و «پژوهشکده مطالعات فرهنگی و اجتماعی»، و معاونت پژوهش، اندیشکده مطالعات راهبردی و آینده‌نگاری، سه مرکز تدوین متون آموزشی، مرکز چاپ و نشر آثار و مرکز آموزش و تحصیلات تکمیلی پژوهشگری، و سه دفتر هیئت‌علمی، نشریات علمی و  مدیریت  فناوری و اطلاعات (فاوا) است.