مأموریت اصلی و ذاتی مرکز تحقیقات اسلامی تهیه و تدوین کتاب‌های عقیدتی-سیاسی برای تغذیۀ فکری و عقیدتی و نیز، بینش سیاسی و مکتبی پاسداران  و بسیجیان، به ویژه رزمندگان مستقر در جبهه،­ بوده و هست. در‌همین‌زمینه،  تا سال 1378 به تدوین نظام­هایی از متون عقیدتی-سیاسی، با عنوان نظام­های سطح 1و2 پاسداران برای زیردیپلم و فوق دیپلم به بالا، نظام­های سطح 1 و 2 و 3 سربازان، نظام­های رستۀ تبلیغات و فرهنگی، نظام­های چهارگانۀ بسیج و خرده‌نظام­های دیگر، که مربوط به رسته­های گوناگون سپاه بوده، اقدام می­کرد. دراین‌میان، بیش از بیست عنوان نشریه ازجمله «مربیان»، «حصون»، «مربی قرآن» در سه سطح و «مربی عقیدتی-‌سیاسی» در سه سطح، مکتب جبهه، سرگرمی­ها و غیره، از سوی آن مرکز تدوین می­شد.

     معاونت تدوین متون آموزشی و کمک آموزشی با حدود پنجاه نیروی ستادی و عملیاتی، وظیفۀ تدوین متون آموزشی و کمک آموزشی را برعهده داشت و بیش از هشت تن از عالمان برجستۀ دینی هر دو هفته یک‌بار در مرکز گرد هم آمده و از نظر علمی به بررسی متون تدوین شده می‌پرداختند و آنها را تأیید یا رد می­کردند و ازدیگرسو، به هدایت و راهنمایی نویسندگان تدوین متون می­پرداختند. حاصل تدوین نظام­های گوناگون عقیدتی-سیاسی در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی از ابتدای تأسیس (1359) تا سال 1390 بالغ بر پانصد عنوان متن آموزشی و بیش از دویست شماره نشریۀ آموزشی و کمک آموزشی بوده است.

     در سال 1382 معاونت متون آموزشی و کمک آموزشی در فرایندی جدید به‌عنوان معاونت برنامه­ریزی و تهیه و تولید محتوای آموزشی تغییر نام یافت و در طول دو الی سه سال به تهیۀ نظام­های تلفیقی پاسداران در دو سطح 1و2 اقدام کرد. با ارتقای پژوهشکده به پژوهشگاه تهیه و تدوین متون آموزشی مورد نیاز سپاه، بسیج و سازمان‌های عقیدتی‌‑سیاسی نیروهای مسلح (ارتش، نیروی انتظامی، وزارت دفاع) به آن واگذار شد. تاکنون بیش از سیصد عنوان متن آموزشی برای نیروهای مسلح، در موضوعات گوناگون، تدوین شده است. با‌توجه‌به توسعۀ مأموریت پژوهشگاه در سال 1393  برای پاسخ‌گویی به نیازهای نیروهای مسلح و سپاه و بسیج به متون آموزشی، مرکز تدوین متون آموزشی تشکیل شد و مانند پژوهشکده‌ای مستقل زیر نظر رئیس پژوهشگاه در حال انجام وظیفه است. دراین‌میان، گروه­های علمی تدوین متون در رشته­های گوناگون در ساختار این مرکز دیده شده است، مانند گروه عقاید، اخلاق، قرآن، فقه، سیاسی، تاریخ و مطالعات فرهنگی-اجتماعی.

تا کنون به ترتیب، حجج اسلام علی رفیعی، احمد شفیعی، محمدرضا پیوندی، مهدی عزیزان، محمد شبدینی و محمود پاکیزه مسئولیت مرکز تدوین متون آموزشی را برعهده داشته‌اند.