با موافقت وزارت علوم مبنی بر تبدیل مرکز تحقیقات اسلامی به پژوهشکدۀ تحقیقات اسلامی در سال 1373، گروه علوم سیاسی به‌عنوان یکی از سه گروه مصوب پژوهشکده تشکیل شد. با آغاز اقدامات مبنی بر ارتقای پژوهشکده در سال 1391، گروه علوم سیاسی به مرکز مطالعات سیاسی تبدیل شد. با ارتقای پژوهشکده به پژوهشگاه در سال 1393 مرکز مطالعات سیاسی نیز به «پژوهشکدۀ علوم سیاسی» ارتقا یافت. 

پژوهشکده علوم سیاسی سه گروه دارد:

• گروه انقلاب اسلامی و مسائل ایران
• گروه اندیشۀ سیاسی اسلام و غرب
• گروه مطالعات منطقه ای و جهان اسلام

تاکنون، به ترتیب، آقایان دکتر آیت مظفری، دکتر عباسعلی عظیمی شوشتری، دکتر مرتضی شیرودی، دکتر حسن تلاشان و دکتر حبیب زمانی محجوب مسئولیت گروه و پژوهشکدۀ علوم سیاسی را برعهده داشته‌اند.

پژوهشکدۀ علوم سیاسی افزون‌بر تهیۀ متون آموزشی مورد نیاز سپاه و نیروهای مسلح، تهیۀ کتاب‌های مطالعاتی و طرح‌های پژوهشی متعددی را نیز انجام می‌دهد. از مهم‌ترین پژوهش‌های پژوهشکدۀ علوم سیاسی مجموعه کتاب‌های «جامعه‌شناسی سیاسی احزاب در ایران» است که تاکنون ده جلد از آن را انتشارات زمزم هدایت چاپ کرده است. همچنین، خلاصۀ پنج جریان «جامعه روحانیت مبارز»، «نهضت آزادی ایران»، «حزب کارگزاران سازندگی»، «سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی» و «حزب مشارکت ایران اسلامی» در کتابی با عنوان «جامعه‌شناسی سیاسی احزاب» در سال 1396 چاپ شده است.

از دیگر پژوهش‌های پژوهشکدۀ علوم سیاسی مجموعه کتاب‌های «جریان‌شناسی فکری-فرهنگی در ایران معاصر» است که با نظارت علمی دکتر موسی فقیه حقانی به ثمر نشسته و تاکنون پنج جلد از آن را انتشارات زمزم هدایت چاپ کرده است. تلخیص این کتاب‌ها نیز در کتابی با عنوان «جریان‌شناسی فکری ایران» در سال 1396 چاپ شده است.

درضمن، پژوهشکدۀ سیاسی دارای یک مجلۀ علمی-پژوهشی با عنوان «پژوهش‌های سیاست اسلامی» به سردبیری دکتر مرتضی شیرودی (دانشیار پژوهشکدۀ سیاسی) است که تاکنون چهارده شماره آن چاپ شده است.