حجت‌الاسلام‌والمسلمین محمدحسین قندهاری، رئیس سازمان عقیدتی-سیاسی وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح، در تبیین جایگاه پژوهشگاه بیان داشت: دلایل بهره‌گیری از ظرفیت پژوهشگاه علوم اسلامی امام صادق(ع) به‌عنوان مرکز علمی نیروهای مسلح واضح است. اول این‌که: پژوهشگاه قدمت و پشتوانه لازم از تجمیع نیروهای فرهیخته و اساتید را در اختیار دارد، دوم: پژوهشگاه پشتوانه حوزه علمیه و دانشگاه‌ها را دارد که این امتیازات باعث قوت و زیربنای علمی مناسب می‌گردد. پس با توجه به این دلایل دیگر نیازی به پراکنده‌کاری نیست و لزومی ندارد که سازمان‌های عقیدتی-سیاسی نیروهای مسلح برای خودشان مراکز تحقیقاتی داشته باشند، تجمیع این ظرفیت‌ها در پژوهشگاه این فرصت را ایجاد می‌کند که یک مرکز علمی قوی برای پاسخ‌گوی نیازهای پژوهشی نیروهای مسلح در حوزۀ علوم اسلامی و انسانی داشته باشیم.

رئیس سازمان عقیدتی-سیاسی وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح افزود: رسالت این پژوهشگاه بسیار سنگین است. درعین‌حالی که چهار نیروی سپاه، ارتش، نیروی انتظامی و وزارت دفاع تحت حوزه فرماندهی فرمانده معظم کل قوا و نیروهای مسلح هستند، ولی از جهت‌هایی با هم تفاوت دارند و با نسخه واحد نمی‌توان به تأثیرگذاری خاصی دست یافت. لذا تأمین تولیدات علمی در این حوزه نیازمند در نظر گرفتن ظرایف خاصی است و پاسخ‌گویی به این طیف از نیازمندی‌ها از دشواری‌هایی است که پژوهشگاه علوم اسلامی امام صادق (ع) با آن روبروست.