دورۀ کارشناسی ارشد پژوهشگری علوم اسلامی از دوره‌های علمی- تحصیلی سپاه است، که بر اساس معیارهای وزارت علوم، تحقیقات و فناوری طراحی گردیده است؛ این دوره مشتمل بر دروس پیش‌نیاز، اصلی و تخصصی با روش‌‌های نظری،  سمینار، عملی و کارگاهی است که به منظور ارتقای سطح علمی و افزایش کارایی دانشجویان مستعد در زمینۀ پژوهشگری علوم اسلامی طراحی شده است و خروجی آن پژوهشگران و نویسندگانی توانمند در حوزه‌های علوم اسلامی با تمرکز بر گرایش ‌های معارف اسلامی و دفاع و امنیت، معارف اسلامی و سیاست، و معارف اسلامی و فرهنگ و اجتماع است.

هدف از ایجاد رشته کارشناسی‌ارشد پژوهشگری علوم اسلامی تربیت پژوهشگران و مدیران پژوهشی و ارتقای سطح علمی و افزایش کارآیی پایوران در حوزه پژوهش در علوم اسلامی است. بسترسازی برای نقش آفرینی نیروهای علمی متعهد نیروهای مسلح در زمینه تحول در علوم انسانی و اسلامی (به عنوان یکی از خواسته های اصلی فرمانده معظم کل قوا «مد ظله العالی») از دیگر هدف‌های ایجاد این رشته است.

دانش‌آموختگان این دوره قابلیت اجرا، کارشناسی، مدیریت، نظارت و داوری پژوهش‌های مورد نیاز در حوزة علوم اسلامی را در حوزه های ذیل پیدا می‌کنند: